Il museo ha sede all’interno dell’ex complesso conventuale cappuccino della “Beata Vergine degli Angeli” risalente alla prima metà del XVII secolo. Fulcro della struttura è il chiostro del piano terreno caratterizzato da una cisterna al centro, mentre sui quattro lati del quadriportico si aprono le aule precedentemente utilizzate per laboratori, officine, ambienti di servizio; al primo piano, raggiungibile con una scala oppure con ascensore appena istallato, si osservano le celle, la biblioteca e il refettorio.

Collocato in posizione ottimale nel tessuto urbano della città, il museo rappresenta oggi un potenziale polo culturale non solo per Vieste, ma anche per il territorio circostante compresi alcuni centri abitati limitrofi (Vico del Gargano, Peschici).

I reperti archeologici attualmente conservati provengono da pochi scavi sistematici e soprattutto da ritrovamenti occasionali e donazioni risalenti allo scorso secolo. Si tratta prevalentemente di utensili preistorici in selce e ceramiche daunie, pochi utensili in ferro, monili in bronzo, monete, elementi lapidei tombali, iscrizioni ed ancore che testimoniano la floridezza del centro daunio identificabile con Uria garganica ricordata dalle fonti storiche.

La FAAR ha curato l’allestimento della sala conferenze (sedute per uditori e relatori, banco conference, sistema audio) e delle sale espositive al piano primo.  

Per rispondere alla richiesta del Ministero della Cultura di esporre il corredo della tomba a semi camera risalente all’età ellenistica, utilizzata per sepolture plurime e rinvenuta nel 2006 nel cortile interno del Palazzo di Città, la FAAR ha realizzato un grande tavolo 200 x 800 centimetri, caratterizzato da box espositivo in lastre di cristallo, senza montanti metallici, con apertura per traslazione orizzontale.